Isso acontece com alguma frequência, se usares o disco externo como local de instalação de algum programa é muito natural que isso aconteça.
Eu tenho um disco, que faz o mesmo e é usb 2
Eu pessoalmente não costumo ligar a isso, quando preciso de desligar seja o que for desligo da porta usb e toca andar.
Se não estou enganado, há ficheiros que estão indexados e que provocam isso, e há uma opção que se pode desactivar , nas propriedades do disco.